穆斯林政黨和許多人權組織就這些修正案向印度最高法院提出質疑。預計將於2020年1月22日審理這些質疑。修正案旨在加速2014年12月31日之前從阿富汗、孟加拉國和巴基斯坦等國進入印度的印度教徒、帕西斯派、錫克教徒、佛教徒，耆那教徒和基督教徒受迫害者獲得國籍。與他們一起進入印度境內的還有眾多穆斯林人，但12月11日通過的修正案並不適用於這些人。
印度穆斯林抗議者對莫迪總理的指控主要歸結為違反憲法。莫斯科大學專家鮑里斯·沃爾洪斯基在接受衛星通訊社採訪時就印度當前局勢評論道：“實際上，在印度歷史上第一次某些特權是基於宗教原因而賦予的。印度是世俗化國家，這已被寫入憲法。因此馬上就出現一個問題——為甚麼要基於宗教而提供這些或那些好處。反對黨說，這有違反憲法。他們在修正案中看到的是，莫迪仍在延續特權賦予路線，並將嚴格遵守印度教各種規則規範的原則應用到國家政策層面。”
印度政府聲明，《公民法》修正案不適用於穆斯林人，因為他們不是阿富汗、巴基斯坦和孟加拉國內受迫害的少數民族。批評者們並不接受這一立場，其中他們就問道，為甚麼修正案在這種情況下不適用於得以從斯里蘭卡和緬甸逃出的穆斯林人。那裡人口中的大多數是佛教徒。
通過的《公民法》修正案迫使反對派對2019年執政的印度人民黨（BJP）的主要綱領性文件採取嚴厲批評的態度。其中，作為該黨的政治目標之一，宣佈在全國範圍內分階段實施“國民登記”制度。在印度，由於各種原因，許多移民沒有官方文件。據稱，新的註冊將有助於使這方面的情況更加透明。而人權活動家和反對派則認為，由於他們信仰穆斯林，因此不會被列入《國家公民登記冊》。這將為當局迫害他們提供法律依據，包括把他們安置在無國籍人中心。
該註冊表於2015年開始在民族眾多的東北部阿薩姆邦使用，成為最高法院認定非法移民的法律依據。該州的最終公民名單于8月31日形成。該州竟有近190萬居民沒有出現在名單中。然而，官方並沒有說那些不在登記名單之內的人是因為其宗教信仰。
現在已有大量證據表明，當地的人民黨積極分子和執政黨的支持者們都贊成加快將阿薩姆邦的經驗傳播到印度其他地區。
幾天前莫迪指出，他的政府沒有立即建立公民登記冊的計劃。但西方媒體認為，他的言論與他的黨內主要助手、內政部長沙阿的說法相互矛盾。他同時在幾個公開場合明確表明瞭自己的立場，稱登記冊制度是針對“非法入境者”，而不是針對穆斯林人。
而那些今天反對修改公民法的人認為，該修正案涉及印度2億穆斯林人。四川大學中國南亞研究中心研究員邱永輝在接受衛星通訊社記者採訪時指出，2020年將提供見證印度如何克服這一混亂局面、讓自己適應新的政治現實的機會。邱永輝專家還認為，印度最高法院能夠做出公正裁決。
她說：“莫迪政府可以說是一個擁有比較深厚印度教背景的民族主義政府。根據其解釋，法案主要針對穆斯林國家的移民問題。但是印度國內的穆斯林一般會理解為這是對他們的一種迫害，使得他們淪為二等公民，所以印度政府可能在推行政策時並沒有完全解釋清楚。另外，莫迪目前已經開始了自己的第二個任期，愈發地朝印度教民族主義的方向前進。現在他已經實現了很多印度人民黨和印度教民族主義者早期提出的想法，包括印度教徒優先、將印度建設成印度教國家等等。再結合莫迪政府修建羅摩廟的計劃以及公民身份法案的推進，可以看出這些實際上都與建立印度教國家的想法非常吻合。
“不過眾所周知，印度的國際環境不大理想，尤其是經濟下滑嚴重。在這樣的條件下，莫迪仍然堅持推進公民身份法，正說明他是在向印度教民族主義的政治方向前進，這一點也是引起爭議動蕩的一個非常核心的問題。從意識形態方面來看，目前世俗的印度、民主的印度和印度教的印度之間產生了非常對立的關係，短期內都不大可能得以解決。從印度政治的角度來講，印度人民黨當前依然控制了大部分的邦，並且在近一年的時間內幾乎不會進行大型的邦選舉，所以莫迪有一年的時間來處理這一問題。至於混亂的局勢會持續多久暫時還無法預見，但是我想在一年之內應該是可以看到這一問題的逐漸消化和修正的結果。印度司法具有獨立性，我們相信印度的最高司法機構能夠公正地決定公民身份法的上訴問題。可能這是印度的內政，但是它與政治、意識形態有著密切的關係，短期內我個人認為徹底緩解的可能性不太大。”
邱永輝專家在回答中國是否有建立多民族國家且能建議如何擺脫穆斯林人與印度政府對抗的積極經驗這一問題時指出：
“我認為，中國依法治國的經驗或許值得印度借鑒，即以自由的民主社會主義為基本意識形態，以社會主義價值觀為指導，都是為了國家的平穩、安定、繁榮和發展。因為印度目前的經濟已經嚴重下滑，社會的不穩定對於投資和經濟的發展都會產生極大的負面影響，再加上印度貧困人口數量龐大，社會極度動蕩，在社會改革需要大力推進的背景下，印度應該以發展經濟、穩定物價為主，進行大量的社會改革，包括土地改革、提高婦女地位等，我想這些事情都比修建神廟重要太多。始終關注國家的經濟發展和民生問題，可能也是中國一個比較成功的經驗，在這方面我想‘精准扶貧’印度政府可以嘗試學習。否則，如此巨大的貧困人口數量繼續存在，對於社會穩定毫無益處。若再摻入宗教因素，發生大量宗教衝突，社會就更加難以保持安定。”
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