2001年5月金正男抵達成田機場時,日本入境管理部門將其扣押,在驅逐出境之前採集了他的指紋。 此後,日本保存了金正男的指紋。
據媒體報道,此次日本政府是首次幫助馬來西亞調查2月13日金正男在吉隆坡機場遇襲事件。
2月13日,一名護照姓名為金哲的朝鮮籍男子在馬來西亞吉隆坡機場死亡。屍檢時在死者體表上發現了《禁化武公約》所禁止的VX神經毒劑殘跡。韓國自始就認為死者是朝鮮領導人金正恩的長兄金正男。
金正男的親屬沒有來到馬來西亞辨認死者遺體及遞交DNA進行分析。日本政府提供了金正男的指紋及臉部照片等身體特徵數據,此後馬來西亞警方上周證實,死者正是45歲的金正男。