得知肯尼亞政府決定滿足北京方面要求交出嫌犯後，台當局稱遣返行動是“綁架”。台北方面要求立即將嫌犯送回台灣。如今台灣方面貌似冷靜了下來，雙方開始談判。
這在很大程度上得益於中國政府對台灣聲明的回復相當及時。中國政府代表駁回綁架的控訴，解釋稱，肯尼亞交出的嫌犯直接波及中國大陸。可以明確的是，無論雙方認為己方多有理，問題都涉及海峽兩岸關係，而這只能通過協商解決。在這一形勢下，增加摩擦或是凍結聯繫就是不對的。
台北決定向北京派譴由“司法院”、大陸委員會和“調查局”代表組成的代表團，是邁向和解的關鍵一步。重要的是北京在此問題上也相向而行。
啓動協商表明兩岸關係在一定程度上更加成熟。這在很大程度上歸功於連任兩屆台灣地區領導人的馬英九，在其執政期間兩岸逐步消除了相互合作壁壘。在這種情況下，《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》或可發揮關鍵性作用。兩岸代表於2009年簽署了這一文件。
台灣當局代表在北京時已通過視頻連線與被拘押的台灣嫌犯見過面。據台灣媒體報道，雙方開始就確定台灣嫌犯臨時拘禁地、組織調查、司法審判和移交證據的辦法等問題展開磋商。也許雙方還將討論安排親屬探望事宜。
民進黨贏得大選後出現的不確定性不足為俱，因為磋商機制可幫助解決許多問題。專家認為，雙方將嘗試尋求解決途徑，對“肯尼亞案”開展聯合調查。然而，考慮到此案涉及面之廣，或許需要相當長的時間才能解決。
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