據直播畫面及俄航天集團消息，飛船已成功進入預定軌道，並與火箭第三級順利分離。目前，“進步MS-31”正自主飛往國際空間站。
此次飛行任務將持續兩天多。按計劃，飛船將於莫斯科時間7月6日0時28分（北京時間7月6日5時28分） 與國際空間站俄羅斯艙段的“探索”號實驗艙自動對接。
“進步MS-31”飛船此行將為國際空間站運送總重約2.6噸的補給物資，包括空間站系統所需的儀器設備、開展科學實驗的物資、宇航員的服裝及衛生用品、食品和飲用水，以及用於補充空間站大氣成分的氮氣。
本次“進步MS-31”飛船的整個軌道任務期計劃為167天。