針對“中國台北風波”，陸委會主委邱垂正當時稱，馬英九基金會邀訪陸生，有涉及“矮化”言論，也違反事前書面承諾的不發表與活動無關的政治性言論，後續將進行“行政處分”，可能會要求主辦單位一段時間內不得再邀請相關團體到台灣交流，禁止期限從6個月至5年都有可能。
出席說明會前，馬英九發表談話指出，去年12月1日，來台訪問的上海復旦大學二年級的宋思瑤同學在接受台灣媒體訪問時，恭喜島內選手拿到棒球世界冠軍，她脫口說出的“中國台北”隊，是大陸地區普遍的用語，相信絕大多數的台灣民眾都會相信當時她並沒有貶抑台灣的惡意，而且是真心恭喜我們的棒球隊獲得世界冠軍。
馬英九呼籲島內當局，不要用政治力量和“行政手段”，阻斷兩岸青年交流的珍貴機會，這對於兩岸和平穩定不利，也不符合台灣民眾的利益。
國務院台辦發言人朱鳳蓮在去年12月回應相關問題時曾指出，民進黨當局伙同島內特定媒體、網軍對大陸高校師生赴台訪問團成員祝賀“中國台北隊”進行網絡霸凌，島內民眾普遍表達憤怒和不齒。“我們予以強烈譴責。”
朱鳳蓮強調，“中國台北隊”的用語沒有任何問題。民進黨當局大張旗鼓借機恐嚇開展兩岸交流的有關機構，企圖製造“綠色恐怖”，充分暴露其堅持“台獨”立場、煽動兩岸對立對抗的本性。他們這樣惡意阻撓兩岸交流合作，究竟是在害怕甚麼？