關於馬英九訪問大陸的消息釋出後，便有媒體“披露”了馬英九一行的具體行程。對此，馬英九基金會執行長蕭旭岑3月26日回應稱，行程尚在安排中，目前並未定案，不知（具體行程）消息從何而來。
蕭旭岑表示，在2015年“習馬會”後，兩岸關係就進入比較冷、緊張的形式，因為蔡英文上任後不承認九二共識，而賴清德即將接任台灣地區領導人，這時若有機會到北京去，一別九年，“馬英九當然會希望能與老朋友碰面”，不過客隨主便，一切尊重陸方安排。
蕭旭岑表示，馬英九卸任台灣地區領導人已有8年，目前也沒有黨職、公職，就是一般老百姓。他說，馬英九此行希望傳達台灣民眾的心聲，台灣民眾是愛好和平、反對戰爭的。希望兩岸和平交流，兩岸人民要有善意、不要惡言相向，回到和平發展的繁榮時期。
此前，蕭旭岑3月25日曾召開記者會宣佈，馬英九將於4月1日至11日參訪廣東、陝西、北京等地，屆時會率領“大九學堂”學員一起前往，參訪中華文化歷史景點與企業，同時也會出席祭黃帝陵祭典，並將率領青年學子訪問中山大學、北京大學，讓兩岸青年進行交流。
馬英九基金會方面介紹，此行團員有馬英九、蕭旭岑、馬英九辦公室主任王光慈、台灣政治大學榮譽教授邱坤玄，一同隨團出訪的20名“大九學堂”青年學子。