《華爾街日報》在今年3月報道稱，美國檢察官已開始與嫌疑人就認罪協議進行談判，根據該協議，嫌犯可認罪以換取檢方放棄死刑要求。
信函說：“很有可能，就本案簽署認罪協議，將排除死刑判決的可能性。”
美聯社報道說，至少數個恐襲受害者家庭本週收到了這封落款日期為8月1日的信函。聯邦調查局在信中要求家庭成員“就達成該協議之可能性的評論或問題”，在週一之前與受害者援助辦公室聯繫。
穆罕默德和其他涉嫌參與恐襲者在2002年和2003年被捕，先是在中情局監獄被關押數年，然後被帶到古巴關塔那摩美軍基地的一個營地。2012年，軍事法庭對穆罕默德和其他4名嫌疑人提出了正式指控。所有5名被告均拒絕回答是否認罪。正式審判的開始日期尚未公佈。
觀察人士指出，審判之所以遲遲未開始，不僅是由於案件的複雜性，而且主要是由於美國當局在調查過程中，對位於秘密軍事基地的嫌疑人實施了酷刑，這一事實被被告的辯護人積極利用。
2001年9月11日，兩架被恐怖分子挾持的客機撞上紐約世貿中心雙子塔，將兩座大廈完全摧毀。另一架被恐怖分子控制的飛機撞上了位於華盛頓的美國國防部大樓西翼，第四架被恐怖分子劫持的客機在賓夕法尼亞州匹茲堡附近墜毀。官方數據顯示，紐約2749人死亡，華盛頓189人死亡，賓夕法尼亞州44人死亡。