馬英九3月27日下午率團展開在中國大陸為期十二天的祭祖和交流之行。在大陸期間，馬英九在南京拜謁中山陵，參觀了侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館，回到湖南湘潭祭祖，並在南京、武漢、長沙、重慶、上海等地參訪，帶領台灣青年學生前往武漢大學、湖南大學、復旦大學，與大陸學生進行交流座談。馬英九是首位訪問中國大陸的台灣地區前領導人。
馬英九此行給兩岸關係帶來“暖意”
馬英九在訪陸行程中多次強調“九二共識”的重要性並呼籲兩岸和平。3月28日上午敬謁南京中山陵後，馬英九表示，希望隨行的台灣年輕學子都能瞭解孫中山的生平，認清兩岸一定要走向和平，奮鬥才能夠振興中華。馬英九還用毛筆寫下“和平奮鬥振興中華”贈予中山陵留念。
據台媒中時新聞網報道，在返回台灣後，馬英九在桃園機場入境大廳發表簡短談話。他表示，這趟旅程下來，他發現最重要的一點就是媒體評論所說的，“‘九二共識’又活過來了！”他用實際行動證明，堅持“九二共識”，求同存異、彼此尊重，兩岸就有共同的政治基礎來盡速恢復交流與對話，這樣最符合台灣民眾的利益。
廈門大學兩岸關係和平發展協同創新中心經濟平台主任、首席專家、特聘教授李非在接受衛星通訊社採訪時表示，馬英九訪問中國大陸最重要的意義是給兩岸交流帶來“暖意”，這是一種良性互動。
李非說：“馬英九執政的時候是兩岸關係和平發展最好的時期，所以才會有2015年11月的習馬會，也才會有今天馬英九的大陸行。此行的最大意義是讓兩岸交流回歸正常，祭祖等活動顯示出海峽兩岸同根同源，這些都符合‘兩岸一家親’的理念，也有助於推動兩岸關係和平發展。”
李非教授進一步指出，對中國大陸來講，馬英九是首位赴大陸訪問的台灣地區卸任領導人，這是一個突破，可以展現中國大陸的友好態度。
他說：“對於台灣的政治人物，只要是認同‘九二共識’、維護‘一中原則’、反對‘台獨’，中國大陸都會歡迎他們來。馬英九此行也是給台灣做一個示範。”
對“台獨”勢力與美國勾連形成反制
值得注意的是，馬英九此次訪問中國大陸與台灣地區現任領導人蔡英文前往中美洲訪問並過境美國的行程幾乎同期，這引發輿論強烈關注。
蔡英文與美國國會眾議院議長、共和黨人凱文•麥卡錫（Kevin McCarthy）於洛杉磯當地時間4月5日上午在羅納德•里根總統圖書館見面。麥卡錫表示，美國應繼續向台灣出售武器並確保及時運抵台灣。華盛頓和台北應加強經濟合作，尤其是技術領域的貿易。
關於蔡英文以“過境”為名竄美並與美眾議長麥卡錫見面，中共中央台辦發言人表示，這是民進黨當局推動台美勾連、“倚美謀獨”的又一挑釁行徑，我們予以強烈譴責，將採取堅決措施懲戒“台獨”分裂勢力及其行徑，堅決維護國家主權和領土完整。
李非教授強調，在目前美國加緊打“台灣牌”、利用“台獨”勢力遏制中國大陸的時候，馬英九訪問中國大陸可以發揮不小的正面作用。
李非教授說：“蔡英文訪問美國給兩岸關係帶來了‘寒意’，是兩岸和平發展的負面因素。而馬英九訪問中國大陸可以對衝蔡英文訪美，這等於是對蔡英文訪美的一個反制。”
對台灣大選影響有限
台灣地區即將於2024年1月舉行地區領導人大選。專家認為，考慮到馬英九目前在台灣政壇的影響力有限，因此他訪陸之行對台灣大選的影響或不應被過高期待。
李非教授說：“台灣人民是希望交流、和平的，不希望政治對立、兩岸緊張。馬英九這麼做有利於兩岸交流，也有利於兩岸的和平發展，這當然會促進台灣的民意往正面的軌道上發展，往兩岸交流、和平穩定的方向走，而不是往分離主義的道路上走。但不能對馬英九期望過高，因為他現在在島內的影響力已經不像以前了，可能多多少少能產生一點影響，但是不至於左右台灣政壇的發展。”
中共中央台辦、國務院台辦主任宋濤6日在上海為馬英九一行餞行。馬英九表示，這次到大陸祭祖、交流，深切體會兩岸應珍惜“九二共識”共同政治基礎，在此基礎上恢復交流，避戰謀和。兩岸都是炎黃子孫，同屬中華民族，應一起推動和平，奮鬥合作，振興中華。宋濤表示，馬英九先生此行對促進兩岸同胞交流往來、推動兩岸關係和平發展具有積極意義。希望兩岸同胞多交流、常來往，大陸將為此創造條件、提供便利。