薩達姆·侯賽因統治期間
在薩達姆統治期間，這座戒備森嚴的監獄是由伊拉克安全總局管理。據西方媒體報道稱，在那裡對統治期間的政治犯進行了大規模的酷刑和處決。
事實上，沒有證據表明，這座監獄是有政治目的，而不是用來關押普通囚犯的，但最後有一個事實，那就是在2002年在臨近西方聯合軍開始入侵伊拉克前夕關在此的普通囚犯被大赦，獲得自由。
對於大規模處決的證據也不足，因為對監獄附近亂葬崗所進行的研究表明，在薩達姆的整個統治時期總共埋了993名囚犯，儘管西方聲稱，在“薩達姆的酷刑中心”，僅在1984年就處決了4000至12000名囚犯，1997年處決了1500名。
以美國為首的國際聯合軍入侵期間
2003年，在薩達姆·侯賽因政權倒台後，這座荒廢的監獄被美國所接手。便利的地理位置和現成的基礎設施使阿布格萊布監獄成為了監禁伊拉克戰俘和政治犯的主要地。
在美軍的監督下，有幾類囚犯被帶到了阿布格萊布監獄：
- 薩達姆執政時期的復興黨成員，其中包括伊拉克前副總理阿齊茲；
- 被懷疑涉嫌參與復興黨活動的人、軍隊退役人員及警察。因為該黨是民眾性的，所以從老師到商人都被帶到了阿布格萊布監獄；
- 宗教人士、部落酋長、社會權威人士及被指控支持薩達姆政權的人；
- 被懷疑涉嫌參與襲擊美國軍隊，他們中可能是在發生襲擊時正好路過的人；
- 所謂的“人質”，就是被懷疑涉嫌參與反抗活動人的親戚朋友，所以在這個監獄里有無辜的婦女、老人、青少年和小孩子。
因此，在美國駐軍伊拉克期間，阿布格萊布監獄成為了監禁主要由當地民眾廣大階層所組成的囚犯的地方。美軍憑自己主觀根據和懷疑監禁了這些人，這違反了《日內瓦公約》拘禁原則。
揭露酷刑事實
2003年春夏，隨美國軍隊一起來到伊拉克的人權組織開始注意到了入侵的美軍服役人員對伊拉克戰俘和監禁的人動用暴力情況。
2003年11月，由美國任命2003 年 11 月，美國任命的伊拉克臨時政府人權部人權監督負責人阿卜杜勒·圖爾基向伊拉克最高民政事務長官保羅·佈雷默報告了該國監獄中被監禁者遭受酷刑和虐待的多起案件，包括發生在阿布格萊布監獄里的. 正如圖爾基後來回憶的那樣，沒有得到任何的回應。
在阿布格萊布監獄里所發生事情的傳聞以迅雷不及掩耳之勢迅速在人群中傳播開來。
於是導致了伊拉克境內民眾反抗聯合軍的活動愈演愈烈。手無寸鐵的民眾向美軍押送隊投擲石頭，高喊反美口號和撲向軍備武器進行殊死搏鬥。
之所以開始對阿布格萊布監獄虐囚事件進行調查，是因為駐伊美憲兵隊士兵瑟夫·達比的好奇心。2003年10月，他因個人需要向同事借了一張光盤，那張光盤上保存了美軍對該監獄囚犯進行酷刑和侮辱的恐怖證據。他在借到光盤的三周後把這件事報告了自己的指揮官。
駐伊聯合軍最高司令官里卡多·桑切斯派少將安東尼奧·塔古巴調查阿布格萊布監獄虐囚事件。
2004年3月20日，聯合軍發言人表示，經初步調查，已對6名軍人立案刑事立案。 4 月 9 日，法院開庭審理案件。
在那期間美方的正式聲明裡都沒有甚麼大秘密，因為新聞報道中的用詞被盡可能地弱化了，用的詞是“非法使用”、“越權”及“個別粗魯行為”。
然而，在4月初至中旬，美國哥倫比亞廣播公司拿到了安東尼奧·塔古巴的報告和所有照片的復印件。美國當局試圖壓著不讓記者報道這些消息，但當他們知道著名記西摩·赫什已經得知正在發生的事情並準備在《紐約時報》發表相關文章時，就開始提前行動。
2004年4月28日，哥倫比亞廣播公司播報了調查情況，並播放了一些虐囚（這些是最沒有危險的囚犯）的照片，該報道迅速出現在世界各大媒體平台上。該報道以非常柔和的用詞報道，並援引了塔古巴報告里的內容：所發生的事件是個別暴虐狂和侵害人權人的粗暴行為，在不知情的情況下以某種方式滲透進了美軍內部，但這是個別行為，並不是系統性行為。
人們指責監獄管理部門和准將賈尼斯·卡爾平斯基，指責他們沒有讓獄警熟知《日內瓦公約》中關於戰俘和被拘禁者待遇的條款。
賈尼斯·卡爾平斯基在一次訪談中說，在阿布格萊布監獄里有一個單獨的歸軍事情報部門管的1A區，在那裡審訊特別重要的囚犯。那裡定期會有美中央情報局和五角大樓的人員過來，而且他們的來訪沒有任何記錄。
卡爾平斯基認為，情報部門人員是虐囚的幕後推手，是他們做決定其下屬做出這種“極端”的行為。獄警們自己指出，他們是在執行軍事情報部門特派員的命令，目的是想讓囚犯招供和獲得有用信息。
據悉，系統性虐囚事件開始於2003年8月，當時關塔那摩監獄負責人傑弗里·米勒少將抵達巴格達。關塔那摩監獄是一個普遍實行不讓睡覺、用冰霜折磨和固定在一個不舒服的姿勢的審訊方式。他還說服美軍司令部讓美國情報機構來管理整個阿布格萊布監獄。里卡多·桑切斯下達命令，批准了他所有的提議。
於是這個計劃及米勒的提議就在阿布格萊布監獄里實行，甚至用了比在關塔那摩監獄更嚴酷的審訊方式。 此外，該計劃符合近東地區的實際情況，因此主要對阿拉伯人進行性侮辱，特別是在公共場合上，並拍攝照片。拍攝這些照片的目的是進一步要挾和脅迫他們向美國情報部門提供信息。
根據一些囚犯的證詞，美軍士士兵對他們進行蹂躪，壓在他們身上，強迫他們在廁所里撈東西吃。一些囚犯特別指出：“他們強迫我們用四肢爬行，並像狗一樣狂吠，如果你不那麼叫，那麼就會被毫不留情地打臉。之後，他們他們把我們扔進牢房，拿走床墊，把水灑滿地，並強迫我們戴著頭罩睡在這樣的地上......”
2004年5月初，美軍高層承認有些酷刑違反了日內瓦第三公約：《關於戰俘待遇之日內瓦公約》，並稱準備公開道歉。
與阿布格萊布監獄虐囚事件相關的12名美軍士兵被判決有罪，被判以不同的刑期。
調查未能查明五角大樓的高層官員在阿布格萊布監獄虐囚事件上是否有罪。
2006年3月9日，美軍司令部決定關閉阿布格萊布監獄。
2006年8月，在阿布格萊布監獄里的所有囚犯被分別移送到了伊拉克其他監獄；9月2日，阿布格萊布監獄被伊拉克政府接管。