俄外交部發佈消息說：
“我們表示，我們認為立陶宛方面的挑釁措施違反了立陶宛承擔的國際法律義務，首先是俄羅斯聯邦和歐盟2002年簽署的關於在加里寧格勒州與俄羅斯其它地區之間過境運輸的聯合聲明，是公開的敵對行為。”
俄外交部稱，6月20日，立陶宛臨時代辦維爾吉尼婭•烏姆布拉謝內被俄羅斯外交部召見。俄羅斯外交部在聲明中說：
“鑒於維爾紐斯在未事先通知俄方情況下實行禁止通過立陶宛境內向加里寧格勒州運送大量貨物的鐵路運輸禁令，俄方向立陶宛臨時代辦發出強烈抗議並要求立即取消這些限制。”
俄羅斯外交部指出，如果立陶宛近期不恢復對加里寧格勒的貨物中轉運輸，俄羅斯保留採取行動保護其利益的權利。
立陶宛鐵路公司此前通知加里寧格勒鐵路局，自6月18日起，停止一系列受歐盟制裁的貨物過境。加里寧格勒州州長安東•阿利漢諾夫表示，加里寧格勒州的渡輪設施能夠應付因立陶宛限制過境而出現的新貨流。途經立陶宛向加里寧格勒州的石油運輸仍在繼續，其過境暫不受限制，直到8月10日。
俄羅斯聯邦委員會保護主權委員會主席安德烈•克利莫夫此前表示，歐盟必須糾正對加里寧格勒的封鎖，否則俄羅斯將放開手腳，以任何手段解決過境問題。他說，北約正假手立陶宛開始封鎖俄羅斯的加里寧格勒州，這是對俄羅斯的直接侵略，將迫使其訴諸自衛。