事故發生後，中國國務院、省、州領導立即作出批示指示，四川省、甘孜州與丹巴縣共同成立“1·12”關州水電站透水事故應急處置前線指揮部，下設綜合協調、應急救援、善後處置、事故調查等10個小組，截至1月13日15：30，省、州、縣派出救援力量，已組織應急、公安、消防、醫療衛生、水利、電力、通訊等535人、救援車29輛，挖掘機8台，水泵40台，全力開展搶險救援工作。
據前線指揮部相關負責人介紹，被淹水電站機房共3層，長88.4米，寬49.7米，高14.6米，體積約64144立方米，河面海拔高程1849米，比廠房內輪機海拔高程1841米高8米，導致河水返滲；三號機尾水閘門受水流衝擊變形，難以合閘止水，廠房內積水難以排除。此次救援主要難度集中在降低廠房水位，主要問題集中在河床水位高於廠房水位，且無法徹底關閉閘門，返滲情況嚴重。事發後當地天氣寒冷，12日下午至晚上還有斷續降雪，被淹水電站機房負二層至負一層僅有約1米寬的樓梯，通道狹窄，也為水下救援增加了難度。
為防止次生災害發生，中國住建、交通、自然資源部門正對關州水電站廠房、周邊民房及道路等區域進行現場踏勘，對地災和房屋安全隱患進行評估；同時，對關州水電站上下游開展巡河工作，排查受災情況，開展相關搜救。事故調查組正依法依規科學開展事故調查，盡快查明事故原因後，及時向社會公佈。