1月2日，哈姆杜克在蘇丹政治危機和國內示威的背景下宣佈辭職。他表示，在自己任職期間，他“試圖避免國家陷入災難”。他說，蘇丹政治各方對話是“向文職和民主政府過渡”的解決辦法。
消息人士說，政治協議的關鍵內容之一，是軍方不干涉哈姆杜克的政治任命。然而，從各方面來看，軍方對總理提出的一些部長人選感到不滿。
據一位高級文官說，辭職的另一個原因，是12月30日宣佈重建總情報局，其在前總統奧馬爾·巴希爾治下稱為國家情報局。據CNN報道，該組織負責殘酷鎮壓蘇丹的抗議活動。
消息人士表示，恢復該機構的影響力，觸碰到了哈姆杜克的“紅線”。一位消息人士對CNN說：“恢復情報局的逮捕權和搜查權，繼續鎮壓示威者，成為壓倒哈姆杜克和（軍方領袖）布爾汗之間協議的最後一根稻草。”
蘇丹軍方於10月25日拘留了總理阿卜杜拉·哈姆杜克和其他幾名政府成員。蘇丹過渡主權委員會主席阿卜杜勒·法塔赫·布爾漢在向全國發表電視講話時宣佈進入緊急狀態並解散該國政府。新的蘇丹主權委員會再次由布爾漢領導。11月中旬，布爾漢和被解職的哈姆杜克簽署了一份政治協議，規定總理重返他的職位。政治宣言的要點之一是釋放該國所有的政治犯。該協議保證在先前規定的期限內將該國的權力移交給文職政府。喀土穆幾乎每周都有反對政治協議和軍事當局的示威。警方經常對抗議者使用催淚瓦斯。