他就台灣局勢稱：“台灣海峽的和平與穩定對我國和國際社會而言很重要。期待台灣問題通過對話得以和平解決。”關於中國大陸，他稱“將推進與同盟國美國的合作，呼籲中方履行作為大國的責任”。日本台灣交流協會主頁的數據顯示，截至9月在台灣約有1.9萬名日本人。於中國國家主席習近平作為國賓訪日事宜，林芳正稱“不處於協調具體日程的階段”。關於如何應對有國家正探討實施“外交抵制”的北京冬奧會，他稱“將在合適的時期綜合考慮各項情況作出判斷，現階段甚麼也沒有決定”。