根據消息，6月16日0—24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例19例，其中境外輸入病例15例（福建3例，廣東3例，雲南3例，上海2例，北京1例，江蘇1例，湖北1例，四川1例），本土病例4例（均在廣東）；無新增死亡病例；無新增疑似病例。
當日新增治癒出院病例15例，解除醫學觀察的密切接觸者974人，重症病例較前一日增加2例。
境外輸入現有確診病例337例（其中重症病例4例），現有疑似病例1例。累計確診病例6329例，累計治癒出院病例5992例，無死亡病例。
截至6月16日24時，據31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告，現有確診病例491例（其中重症病例16例），累計治癒出院病例86384例，累計死亡病例4636例，累計報告確診病例91511例，現有疑似病例1例。累計追蹤到密切接觸者1045269人，尚在醫學觀察的密切接觸者16116人。
31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增無症狀感染者24例（均為境外輸入）；當日轉為確診病例4例（均為境外輸入）；當日解除醫學觀察14例（均為境外輸入）；尚在醫學觀察的無症狀感染者427例（境外輸入405例）。
累計收到港澳台地區通報確診病例25342例。其中，香港特別行政區11881例（出院11601例，死亡210例），澳門特別行政區52例（出院51例），台灣地區13409例（出院1133例，死亡478例）。
截至2021年6月15日，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團累計報告接種新冠病毒疫苗92391.0萬劑次。