4月29日有報道稱，兩國已經達成協議，商定停火，部隊撤回到原來的駐地。
報道援引新聞處人士的話指出，“馬克薩特村吉爾吉斯人的房屋在起火燃燒，當地居民已經疏散到馬爾貢、達爾宏和達爾加斯村。此外，阿爾卡村的加油站、路邊商鋪已經被燒毀。”
報道稱，雖然達成了停火協議，但阿爾卡、多斯圖克和扎什迪克村依然在交火。
吉爾吉斯和塔吉克斯坦邊防局4月28日分別通報了兩國邊界巴特肯地區發生衝突的情況。當時塔方人員試圖在電線桿上安裝攝像頭，而吉方則試圖鋸倒，於是雙方開始互相投擲石塊。4月28日夜間衝突惡化，雙方開始槍戰，各有3名公民因此死亡，超過100人受傷。晚間雙方達成協議，一致同意自莫斯科時間17時起停火，兵力撤回到原來的駐地。
吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦國界的兩國當地居民或邊防人員經常爆發衝突，主要原因是兩國邊界無法划定。