"進步MS-16"飛船原定於莫斯科時間9點20分與國際空間站俄羅斯"碼頭"號多功能對接艙實現對接，但在距空間站約20米的時候，電視圖像消失，位於莫斯科州的地面飛行控制中心向宇航員謝爾蓋•雷日科夫下達命令手動完成對接。莫斯科時間9點27分手動對接工作完成。
俄航天領域消息人士晚些時候對衛星通訊社表示，這次與國際空間站交會，"進步MS-16"貨運飛船首次使用了"格洛納斯"衛星導航，而不是"航向"(KURS)無線電技術系統。"格洛納斯"導航系統將飛船順利引導至距離國際空間站30米處，隨後，"進步MS-16"貨運飛船交由"航向"無線電技術系統引導，據俄航天集團消息，在此期間，飛船偏離了對接軸，偏離度超過了30度，地面中心因此決定改為手動操縱。
美國國家航空航天局發推說："控制改為手動遙控"進步"貨運飛船是因為"航向"自動交合系統信號強度問題"。
"進步"貨運飛船通常都是自動對接國際空間站，但站上宇航員也可以手動遙控飛船對接。國際空間站上安裝有飛船控制操縱桿以及顯示屏，其上實時顯示近站飛船攝像機拍攝的對接全過程。
1993年，在"進步M-16"貨運飛船對接"和平"號空間站時首次對手動控制模式進行了測試。今天這次手動對接國際空間站是"聯盟"飛船史上第九次採用這一模式，也是2016年以來的第一次。
直到最近，美國和日本的貨運飛船一直採用的是手動操縱國際空間站機械臂捕獲停靠對接方式。前不久，美國太空探索技術公司的 "載人龍"（Crew Dragon）和"貨運龍"（Cargo Dragon）飛船開始使用自動對接系統。歐洲ATV貨運飛船安裝有俄羅斯對接設備，因此能夠以自動模式對接到國際空間站俄羅斯艙段上。