原為男性的沃卓斯基姐妹分別於2012年和2016年正式宣佈變性，很多粉絲開始從《黑客帝國》中尋找與跨性別有關的各種隱喻和“彩蛋”。
其中最流行的一種說法是，尼奧（基努·里維斯飾演）與自己的理智對抗時感受到的不安實際上是一種“性別焦慮”的隱喻，而讓主角看到真實世界的“紅色藥丸”則與激素療法有關。
如今，莉莉·沃卓斯基已證實一切，並解釋稱，她們的“初衷”是讓影片成為“性別認同的寓言”。
她表示：
“我很高興，很多人注意到了這一切，畢竟這也是我們的想法。但當影片上映時，這個世界並沒有做好接受這種思想的準備。”
莉莉·沃卓斯基還提到了Switch（貝琳達·麥克洛里飾演），第一部裡的一個角色，與墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩飾演）合作。事實上，Switch也與跨性別有關。在《黑客帝國》的虛構世界里，Switch變成女性並非偶然，而在現實世界中，Switch是名男性。
《獨立報》報道稱，受新冠疫情影響，《黑客帝國》第四部宣佈停拍，不久前已恢復拍攝。