我們對COVID-19病毒瞭解多少?

俄羅斯科學家研發出可以找到抗COVID-19病毒藥理物質的計算機方法。俄羅斯科學與高等教育部、俄羅斯科學院和“科學俄羅斯”門戶網站日前共同舉辦在線會議,就這一問題進行談論。
Sputnik

北京出現多名患者無新發地直接接觸史
新型冠狀病毒的矛盾

新型冠狀病毒疫情極大地影響著人類生活的方方面面。在過去的5個月中,科研人員共發表超過1.9萬篇關於SARS-CoV-2 / COVID-19病毒的文章。俄羅斯奧列霍維奇生物醫學化學研究所生物信息學系主任、俄羅斯科學院通訊院士弗拉基米爾·波羅伊科夫指出:

“很遺憾,這其中許多文章是相互矛盾的,根據作者的理論並不總是可以得出結論。”

1月25日,新型冠狀病毒的第一個基因組被破譯。如今,已經有數千個被破解的基因組,這項工作還在繼續。2月5日,成功解析新型冠狀病毒關鍵藥物靶點—主蛋白酶的高分辨率三維空間結構,這使得進一步採用分子建模方法來尋找抗COVID-19病毒的藥物成為可能。
瞭解病毒的結構和生命週期可以確定最有前景的靶點。

全球最著名的醫學期刊—《柳葉刀》發表的一篇文章指出,兩種抗瘧藥—羥基氯喹和氯喹在新型冠狀病毒治療中的使用還不夠充分。這篇文章廣泛收集了臨床資料。但是,幾天後,文章三位作者撤回了他們的簽名。

“新”藥物—被遺忘的舊藥
由於尋找和研制疫苗需要很長的時間,因此科學家正在嘗試重新配置已知的藥物。3月首次嘗試重新配置藥物,兩個大型研究團隊進行了系統性的藥物搜索。在一項研究中發現了13種活性化合物,而另一項研究中發現了64種。

計算機預測

疫情開始初期,歐洲就啓動了Grand Challenge Against Covid-19項目。組織方提出了6個靶點,通過三種獨立計算機方法找到具有10億以上可用結構的物質,包括被批准用於治療的藥物。

由弗拉基米爾·波羅伊科夫率領的俄羅斯科學家團隊研究PASS計算機程序已有30多年的時間,預測出超過5000種生物活性化合物,他們最終選擇了4個靶點。 弗拉基米爾·波羅伊科夫表示:

“我們具備利用大數據工作的經驗,與美國國家癌症研究所合作的項目中包括約十億種化學化合物。在搜索研究中,我們使用過三種方法—相似性搜索、機器學習和分子對接。此前的項目結果表明,通過這些方法,我們找到了活性化合物。”

俄羅斯科學家在研究中得出結論認為,需要對藥物治療問題進行全面分析,包括訓練樣本(Training sample)的制備、專業信息計算系統訓練、根據預測和測試篩選有前景的分子。

目前,已選擇出超過3.2萬個可能作用於靶點的分子,然後進行機器分析,選擇出幾種潛在的抑制劑,通過分子建模顯示出與該病毒主要蛋白酶的良好相互作用。科學家說:

“對於COVID-19,我們必須從零開始創建訓練樣本。抗新型冠狀病毒藥物的預測程序幾乎準備完畢,下個月我們將提出首批成果。”