這部時長近一個小時的紀錄片分為“青山處處”“幸存者說”“反恐之戰”三個段落，將視角分別對準處置暴恐案件中犧牲民警、暴恐案件受害平民以及全民反恐戰線。
紀錄片第一部分聚焦於處置暴恐案件中犧牲民警的故事，他們的戰友在鏡頭前平靜地敘述那些驚心動魄的戰鬥。1998年4月19日晚，新疆伊犁地區公安局防暴支隊分隊長龍飛帶領隊員一點點向暴恐分子藏匿窩點前進，為了保護戰友生命安全，龍飛一腳踹開門率先向屋內衝去。然而，暴徒從暗處射出的子彈擊中龍飛頸動脈，29歲的他倒在血泊里。2015年，阿克蘇地區公安局副局長買買提江·托乎尼亞孜在圍捕襲擊煤礦的暴徒時，主動提出用自己來換被綁架的牧民，最終被暴徒殘忍殺害。
“每次出任務，我們都覺得（在想）這次出去能不能回來。但是一進入工作狀態，甚麼都忘了。”和田地區公安局副局長木拉提·西日甫江說出的是所有新疆一線乾警的真實感受。
跟前兩部紀錄片重點著墨於激烈的鬥爭不同，《巍巍天山》更注重從親歷暴恐案件的普通人視角來講述那段恐怖主義為禍新疆的歷史，同時，該片選擇的故事跟前兩部紀錄片又保持著一定的聯繫。例如，曾在第一部紀錄片中出現的被炸斷雙腿的姑娘迪麗卡瑪爾，本片中再次露面，幾段平凡的生活畫面顯示她現在能依靠假肢走路，但無法再翩翩起舞。不過，鏡頭中的迪麗卡瑪爾表現得很堅強：“我覺得我已經走出來了，去那邊逛街的時候也沒有那種不太舒服的感覺，多半是因為家人的陪伴還有身邊朋友的鼓勵。”
新疆已經連續超過40個月未發生暴恐案件，與此同時，新疆的脫貧攻堅工作也取得決定性進展。根據最新數據，截至2019年底，新疆累計實現73.76萬戶292.32萬人脫貧、3107個貧困村退出、25個貧困縣摘帽，貧困發生率由2013年底的19.4%降至1.24%。在該片的第三部分，帕米爾高原上的護邊員世家、塔吉克夫婦的甜蜜故事讓觀眾更瞭解新疆當下安寧幸福的現狀。
中國社會科學院世界宗教研究所研究員李維建告訴《環球時報》記者，紀錄片最後小夫妻倆相視一笑，丈夫含情脈脈說“我更愛我的老婆了”，這樣的結尾讓他印象深刻，“這是普通百姓對家庭、對社會、對美好生活的嚮往，是人之常情。”
懷疑西方媒體的“報道熱情”並非無憑無據。2019年12月5日和7日，《中國新疆，反恐前沿》和《幕後黑手——“東伊運”與新疆暴恐》播出時，其真實畫面和罕見的尺度在國內引發廣泛關注，詭異的是，一直密切“關心”新疆的西方媒體卻對此幾乎毫無報道。12月9日，外交部發言人華春瑩對此向西方媒體的“選擇性失明”發出錐心之問：“當有一些別有用心的撒謊者，撒著關於涉疆問題的彌天大謊的時候，你們趨之若鶩；而當新疆的事實和真相展現在我們的面前時，你們卻唯恐避之不及。這是為甚麼？你們在擔心甚麼？你們在害怕甚麼？你們難道真的不願意靜下心來認真地做一些反思嗎？”
“西方媒體集體的沈默是有可能重現的。”中國社會科學院世界宗教研究所研究員李維建對《環球時報》記者表示，但是，西方的部分主流媒體無視，並不代表所有媒體都無視，更不代表整個西方無視，“互聯網時代渠道太多了”。李維建表示，西方主流媒體的集體沈默恰好揭露了其所謂“新聞自由”的虛偽。
中國現代國際關係研究院美國所副研究員賈春陽同樣認為西方一定會選擇性失明，“因為西方在反恐領域長期有雙重標準是世人皆知的，只有對那些能夠直接威脅西方安全利益的恐怖主義，西方才會毫不手軟。”他推測，反華勢力甚至有可能進行一些小動作，比如攛掇一些“東突”組織頭目出來，通過捏造假文件、假視頻，或找一些所謂的“證人”來“現身說法，“其實，即使西方媒體繼續無視，其實也是一種現象，能更讓世人看清楚他們的面孔。”