16日起，北京恢復社區封閉式管理、嚴格口岸食品檢驗檢疫、調整公共交通限流比例；同時“自我隔離”，實施嚴格進出京管控，嚴防疫情外散。
截至6月16日，自6月11日以來，北京市已經有27個街鄉升級為中風險地區，1個升級為高風險地區(豐台花鄉地區為高風險地區)。
截至6月16日，自6月11日以來，北京市已經有27個街鄉升級為中風險地區，1個升級為高風險地區(豐台花鄉地區為高風險地區)。
二級應急響應下，堅持“嚴格社區封閉式管理和健康監測，嚴格進出京管控”等“九嚴格”措施的同時，北京16日晚還出台了15條加強的防控措施。如，恢復社區封閉式管理，落實測溫、查證、驗碼、登記等措施後方可進入。高風險街道(鄉鎮)所轄小區(村)進行全封閉管控，人員只進不出、進行居家觀察並做核酸檢測。
16日，北京還明確，
“中高風險街鄉、新發地市場相關人員禁止離京，其他人員堅持‘非必要不出京’，確需離京的須持7日內核酸檢測陰性證明。”
報道稱，北京市調整應急響應級別和防控策略前後，北京首都機場和大興機場16日-17日航班出現大面積取消。截至16日23：45，17日首都機場計劃出港航班已取消(含可能取消)163架次，取消率約為41.48%；大興機場計劃出港航班已取消76架次(含可能取消)，取消率約為39.79%。
此外，北京市交通委下發通知，為做好疫情防控工作，阻斷疫情通過出租車(含網約車)、順風車傳播，15日起，暫停北京市出租車(含巡遊車、網約車)、順風車出京運營業務。