扎哈羅娃在評論6月8日至10日在荷蘭進行的有關馬航波音飛機失事的聽證會時表示：
“荷蘭檢察官在其發言中試圖排除烏克蘭的所有嫌疑，即災難發生時烏克蘭防空武器在空難地區似乎並未運行，但眾所周知，一些材料材料顯示，烏克蘭官員以在所謂反恐行動區展開處於戰鬥狀態的‘山毛櫸’為背景擺拍，而控方自己直接指出，烏軍的‘山毛櫸’防空導彈系統不僅部署在周圍，而且直接鄰近事發地。所有這些在指控俄羅斯涉嫌不誠實行事的背景下試圖使調查陷入僵局。”
2014年7月17日，阿姆斯特丹飛往吉隆坡的航班號為MH17的波音777客機在烏克蘭頓涅茨克州上空墜毀，機上298人全部遇難。基輔把空難的責任歸咎於民兵，民兵則稱他們沒有能在這個高度擊落飛機的武器。
國際聯合調查組（JIT）2018年5月公佈的中期調查結論稱，擊落馬航MH17航班客機的是“山毛櫸”導彈，來自俄羅斯庫爾斯克第53防空導彈旅。俄羅斯堅決否認與這起空難有關，指出國際聯合調查組的調查存在偏見。
馬航MH17空難案2020年3月9日在阿姆斯特丹首次開庭審理。本案共有4名被告，包括俄羅斯公民伊戈爾∙吉爾金、謝爾蓋∙杜賓斯基、奧列格∙普拉托夫和烏克蘭公民列昂尼德∙哈爾琴科。其中奧列格∙普拉托夫由一個國際律師團隊為其辯護，這個團隊由2名荷蘭律師和1名俄羅斯律師組成。其餘嫌疑人缺席受審。開庭審判首日檢方承認已經收到並正在研究俄羅斯檢察院提供的數據。
俄羅斯副總檢察長尼古拉∙溫尼琴科表示，俄方不僅向荷蘭轉交了該國雷達數據以及能夠證明導彈屬於烏克蘭的相關資料，但都被調查人員忽視。
俄羅斯外交部表示，國際聯合調查組指責俄羅斯參與馬航MH17事故沒有根據，且令人遺憾，調查是有偏見的和片面的。俄總統普京隨後指出，俄方如不能全面參與調查，將很難接受國際聯合調查組的結論。如果允許俄羅斯專家參與調查，才會是公正的。俄羅斯國防部則表示，荷蘭調查委員會就調查馬航MH17墜毀事件所做演示的導彈及其發動機，2011年後已經報廢。而俄總統新聞秘書佩斯科夫多次表示，俄方堅決否認這些指控。