美菲兩國軍事合作的具體形式目前由2014年簽署的《加強國防合作協議》（EDCA）決定。EDCA對各種形式的合作做出了規定，包括美國幫助菲律賓實現武裝部隊現代化、舉行聯合演習、情報交流等。
在EDCA框架內美國軍隊獲得了進入菲律賓領土的機會，實際上美國駐軍已經具有永久性的特點。隨著中美關係的惡化，這項協議的意義日顯重要。
然而，簽署於1998年的這份沒有政治特點的VFA，提供了實施與美軍向菲律賓派遣部隊有關的任何合作計劃的法律條件。如果沒有這個協議，美國和菲律賓將不得不為美國每次部署軍隊進行單獨談判，這將需要時間，在許多情況下幾乎是不可能的。
從國內政治角度看，VFA也是菲律賓的一份重要協議。該協議嚴格限制菲律賓司法系統對菲境內美軍的管轄權。它多次被美國用來保護在菲律賓犯下嚴重罪行的美國軍事人員，包括強姦。每次都惹起公憤。VFA還允許美國軍隊自由把貨物進口到菲律賓，而無需接受檢查，也不用交關稅。該文件允許美國船隻和飛機以及軍隊在菲律賓境內自由移動。
退出VFA後，菲律賓將能大大減少或實際上癱瘓與美國的軍事合作，同時又不影響兩國間現有的軍事政治協定。但不能排除這只是第一步，以後有可能撕毀EDCA協議。
這兩個國家都沒有放棄規定著與美國結盟的基本文件（土耳其仍然是北約成員，菲律賓也保留著1951年的條約），但實際上正在減少與美國的合作。而威脅減少在軍事領域與美國合作，被它們用作對華盛頓施壓的手段。
同對待土耳其一樣，美國人當然也對在菲律賓的軍事存在感興趣，一旦南海局勢惡化，這種存在的重要性將更大。還是同對待土耳其一樣，國內政治局勢和意識形態考量，不允許美國與菲律賓達成會讓菲律賓總統杜特爾特滿意的協議。
減少與美方合作，炫耀般地加強與中俄合作，菲律賓不能在這方面走得太遠。美國雖然已不再是老大哥和宗主國，但仍然是菲律賓多矢量外交政策的最重要夥伴和重要方向。如有必要，仍有各種可能恢復合作。今後將在很大程度上取決於中俄為鞏固當今菲律賓外交政策中出現的積極變化同菲方加強合作的效果。