當飛機爬升時，飛機內的壓力下降，溶解在體液內的氣體會形成氣泡並向外爆裂。有些人覺得在耳朵里有輕微的刺痛感，甚至腸胃鼓脹；在飛機下降時則相反，耳膜和鼻竇感受到壓力。
在高空，濕度很低，大概總共只有20%。因此，在飛行過程中，經常會有皮膚乾燥、鼻咽刺激、咳嗽、打噴嚏的感覺。
巴西米納斯吉拉斯聯邦大學的科學家指出，機艙內的情況很可能會有助於形成血栓性靜脈炎。由於坐著不動、高空低氧和低濕度，在飛行數天或數周後就會發展成血栓性靜脈炎。此外，肥胖人士、服用激素避孕藥或接受激素替代療法的人、癌症患者都是患上此病的風險人群。遺傳性體質、年齡、不良生活習慣及其他因素都是形成血栓的原因。
太陽、尤其是宇宙輻射會破壞DNA細胞。在地球上，大氣層保護人們免受宇宙射線和太陽輻射。人們飛得越高，大氣層就越稀薄，受到的輻射就越多。飛機機身只能擋住紫外線，能吸收的輻射量卻很小。