蘇丹軍隊於6月3日清晨開始驅散喀土穆市中心國防部大廈周邊場地上的帳篷營地，有報道稱，軍方普遍動用了槍械。
布爾漢指出，投票箱是登上蘇丹執政舞台的唯一方法。
持反對派立場的蘇丹醫生委員會消息稱，在喀土穆驅散帳篷營地的行動中，死亡人數已經超過35人，數百人受傷。
蘇丹反對派指責過渡軍事委員會非法驅散和平示威活動，並呼籲在全國展開大規模抗議示威，要求軍事委員會立即下台。軍方則宣稱，這次行動並非針對示威者，而是為了拘捕混入抗議人群中的犯罪分子。
4月11日，蘇丹軍隊宣佈發動政變，巴希爾總統被軟禁。4月12日，阿卜杜勒∙法塔赫∙布爾漢出任蘇丹過渡軍事委員會主席，解除早前實施的全國緊急狀態和宵禁。他還宣佈，過渡軍事委員會將在最長兩年的時間內解散，將權力移交給民選政府。儘管過渡軍事委員會做出承諾，但民眾仍然持續抗議，他們要求立即組建文官政府，並將所有全權交給新政府。