時任理財局長、前國稅廳長官佐川宣壽和主要涉事人員、理財局總務課長中村稔將受到停職處分。合計將有約20人受到處分。
據《日本經濟新聞》6月4日報道，日本財務省認定佐川事實上指示部下篡改文件。"停職"在國家公務員的行政處分中屬於第二嚴重的處分。財務省將通過嚴厲處分涉事人員，彰顯認真對待該問題的姿態。由於佐川身為領導，預計其停職時間將比中村更長。
篡改問題發生之際擔任財務省事務次官的佐藤慎一也因負有主要監督責任而受到行政處分。除了佐川和中村外，參與篡改的理財局職員也將受到處分。一方面，財務省計劃對負責管理文件的前官房長（現任主計局局長）岡本薰明處以較輕的"嚴重警告"處分。調查報告中指出，雖然佐川是否直接作出指示並不明確，不過多位理財局職員認為受到佐川的指示。認定佐川在事實上作出了篡改文件的指示。篡改主要由理財局和近畿財務局實施，預計首相官邸和麻生太郎等政治家並未參與其中。
日本財務省希望通過這一調查結果和處分決定平息篡改問題，加緊討論構築幹部人事等新的體制。不過，日本在野黨方面要求追究麻生責任的呼聲很強，森友文件篡改問題能否就此平息還不好說。