穆沙拉夫沒有出現在關於2007年巴基斯坦特種部隊攻擊紅色清真寺時神職人員阿卜杜勒·拉希德·加齊被殺害一案的庭審上,因此最高法院發出了逮捕穆沙拉夫的命令。其教區居民2007年7月3日稱,退出巴基斯坦法典,並在自己的地區內引入伊斯蘭教法。當局攻擊清真寺導致約100人死亡,他們主要是伊斯蘭學校的學生。死者中有清真寺的主教加齊,以及他的母親和侄子。相關刑事案件的當事人是穆沙拉夫,他在2013年9月初因加齊兒子的請求被刑事立案。
穆沙拉夫還被指控“於2007年的騷亂期間在國內實施緊急狀態”和“中止憲法”,因此法庭認為他犯有叛國罪。穆沙拉夫稱自己無罪。他強調,“我所做的一切都是為了國家和自己的人民。我被自己被稱為賣國賊感到難過”。如果穆沙拉夫被證明有罪,他將面臨死刑或無期徒刑。他的律師要求將關於他的案件材料移交給軍事司法機構。