在當年東徵喀山汗國、第一次北伐諾夫哥羅德之後，伊凡三世苦心經營，把莫斯科周圍的一些城邦公國相繼併入版圖。伊凡三世推崇上兵伐交、屈人之兵而非戰的戰略思路，通過外交手段把羅斯托夫、雅羅斯拉夫爾、韋列亞等城邦收為己有。羅斯托夫城幾乎是被伊凡三世花錢買下來的。
現在，伊凡再次把目光投向了諾夫哥羅德。
自從莫斯科成為諾夫哥羅德宗主國之後，莫斯科將該城的司法審判和立法權收歸己有，但同時不觸動城中貴族的經濟利益，這當然不至於讓親立陶宛情結極強的諾夫哥羅德貴族們對莫斯科產生抵觸情緒。數年之後，城中分化除了親立陶宛和親莫斯科兩派貴族。前往莫斯科進行民事訴訟、經商的諾夫哥羅德人越來越多，政治經濟聯繫日益緊密，此時的莫斯科，看上去很像是首都。城中兩派貴族鬥爭的日益激烈，親莫斯科一派貴族主張改變目前諾夫哥羅德和莫斯科的法律關係，認為把諾夫哥羅德併入莫斯科版圖的時機已經成熟。
1474年，從諾夫哥羅德來了兩個親莫斯科的貴族，這兩位貴族自稱受城中貴族會議委派，前來莫斯科覲見伊凡三世。在覲見中，兩位貴族極為謙恭，一改此前諾夫哥羅德對伊凡三世的"宗主"稱號，而是反復稱伊凡三世為"陛下"。這等於間接承認了莫斯科對諾夫哥羅德的主權。伊凡三世對諾夫哥羅德的表態頗感意外，在興奮之余，派出特使前往諾夫哥羅德，召集貴族會議，詢問諾夫哥羅德貴族是否如同這兩位貴族所說，承認莫斯科的主權。
在貴族會議上，親立陶宛一派的貴族們激烈反對伊凡三世，聲稱從未派出特使前往莫斯科覲見伊凡三世，諾夫哥羅德也不會併入莫斯科版圖，諾夫哥羅德非常希望保留現在的半獨立的法律地位。伊凡三世的特使悻悻而歸。當晚，意猶未盡的親立陶宛派貴族們帶領家丁，逐戶衝擊了親莫斯科派貴族的住所，並搗毀了這些貴族們的多處房屋。
諾夫哥羅德傳來的消息讓伊凡三世頗為震怒。1477年9月30日，伊凡三世向諾夫哥羅德發去詔書，宣佈同諾夫哥羅德斷絕一切關係，從即日起雙方處於戰爭狀態。10月9日，伊凡三世帶兵離開莫斯科，前去諾夫哥羅德征討。11月27日，伊凡三世的軍隊抵達諾夫哥羅德，將城包圍起來。伊凡三世再次採取了圍而不攻，攻心為上的策略，逼迫諾夫哥羅德貴族們在糧草斷絕的威脅下，自己主動出城談判。
12月5日，如同6年前一樣，諾夫哥羅德再次派出城中主教，前往伊凡三世駐地談判。伊凡三世在談判中表現出了前所未有的強硬姿態，沒給諾夫哥羅德回旋餘地。他直截了當地宣佈："朕欲永世為此城之主，一如朕永世為莫斯科之主。"
談判毫無結果地持續了幾天之後，伊凡三世覺得應該在一些重大問題上作些讓步，以此換取諾夫哥羅德的妥協。伊凡三世宣佈，諾夫哥羅德必須併入莫斯科版圖，但是城中貴族可以保留自己的領地，貴族子弟也不必為莫斯科軍隊服役，諾夫哥羅德人服兵役不必遠離本城。等到了第二年的1月4日，城中還沒有回信。伊凡三世考慮再三，在原有的條件上又加上了一條：城中教會所有的土地和財產，必須拿出一半來上繳給莫斯科。伊凡三世的這個主意算計得可謂恰到好處。諾夫哥羅德教會非常富有，而這一舉動又不牽扯城中貴族利益，這樣既能充實莫斯科的國庫，又不會招致主政的貴族們反對，實際是等於是犧牲了教會利益，雙方達成妥協。6日，處在飢寒交迫之中的諾夫哥羅德同意了伊凡三世的條件。15日，諾夫哥羅德全城舉行儀式，向伊凡三世宣誓效忠。
伊凡三世在接收諾夫哥羅德之後，委派了一位督軍，留在諾夫哥羅德，代表莫斯科處理政務，同時把城中的貴族會議召開地址遷到雅羅斯拉夫爾。作為莫斯科擁有主權的象徵，伊凡三世在撤軍時，把城中議政大廳上的大鐘拆下來，運回莫斯科。
就這樣，諾夫哥羅德從此併入莫斯科版圖。伊凡三世兵不血刃，未放一槍一彈，成功地把領土向北方擴張了數百里。這時莫斯科東部邊境上，除了諾夫哥羅德就是受其控制的卡西莫夫汗國，而莫斯科大公國的勁敵，喀山汗國，由於內訌不斷，對莫斯科的威脅已經大大減少了。
兼並諾夫哥羅德之後過了兩年，莫斯科久候不至的金帳汗國終於領兵殺上來了。
在伊凡三世撕書斬使之後，金帳汗國的阿合馬汗並沒有馬上出兵報復莫斯科，而是積極和立陶宛大公國建立聯繫，結成聯盟。雙方商定，金帳汗國和立陶宛大公國同時出兵，從東西兩線夾擊莫斯科。立陶宛大公國對日益強大的莫斯科也深懷不滿，在諾夫哥羅德併入莫斯科版圖後，與金帳汗國很快就達成了協議。
1480年，阿合馬汗親自領兵，前來攻打莫斯科。這次戰役注定是莫斯科公國和金帳汗國之間的決定性戰役。
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