遭拒的理由是出於安全考慮。現政府解釋說，馬英九離職還不到一個月，而離職前掌握秘密信息。決定不讓馬英九去香港，是因為作為中國特別行政區“香港的地位很敏感”，以及雙方安全部門缺乏合作經驗。
根據台灣法律，所有離職的高管和政府成員，在離職後的三年內計劃出訪，都應向政府有關部門提出申請，而且許多申請都能獲得批准。由於馬英九兩任期執政時海峽兩岸關係蓬勃發展，貴賓的行程不再稀奇。甚至一些退伍高級軍官和情報部門的工作人員都能獲得前往大陸的許可。
當然，每個申請都有自己的特殊情況。或許馬英九是個特例。然而，禁止他入港已經在島內引起很大反響。馬英九過去的一些近友認為，當局不僅不尊重馬英九本人，而且還有損台灣的民主形象。而國民黨高層則把政府的這一步看成是蔡英文政府缺乏善意和自信。
這一決定的做出當然是有其政治動機的。如果馬英九決定去美國、日本或西歐，台新政府未必會反對。香港是一個敏感的地方，很有可能甚至都不是因為馬英九在那裡會馬上成為中國情報部門的“捕獵”對象。香港，是中國成功實施“一國兩制”的典範。看來台灣現政府擔心，馬英九去香港將成為馬英九成為另一公眾人物後的首個“表演”。或許北京也不會反對繼續同馬英九對話，以鞏固去年11月習近平和馬英九新加坡會晤時取得的成功。
馬英九獨立同北京對話，當然不會讓蔡英文喜歡，後者有自己處理同大陸關係的立場。也許，馬英九赴港遭拒是在向他發出一個信號：現在不希望看到類似活動。在兩岸關係處於“暫冷”之時，台灣現政府顯然也不想在目前這種情況下讓國民黨高出一頭。
觀察家們在此看到的是執政的民進黨與成為反對派的國民黨之間鬥爭的升級。鬥爭將圍繞台灣政治的中心問題。這個問題在新領導人就職後也並未消失。這就是：台灣與中國大陸的關係將建立在甚麼原則之上？
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