正像莫瑞拉斯指出的那樣,考古學家早就注意到馬丘比丘的許多文物和建築物的狀況在過去幾十年中已經明顯惡化。許多科學家開始將它們的變壞與這些古蹟的表面所覆蓋微生物的生長這一情況聯繫在了一起。
"這些微生物,包括藻類和真菌,通過微裂縫和其它損壞處滲入紀念碑。它們將自己附著在花崗岩表面,開始從中吮食礦物質,逐漸摧化岩石,岩層碎成粉末,導致岩石逐漸消失。" 西班牙畢爾巴鄂巴斯克大學的化學家赫克托·莫瑞拉斯說道。
然而,有一些研究人員不認同這一理論,他們認為正是微生物保護了馬丘比丘免受破壞,讓雨滴和空氣中的各種侵蝕性物質難以與花崗岩相互作用。