水母湖（當地稱為Ongeim'l Tketau）長約450米，寬約160米，因地殼運動在大約1.2萬年前與海洋脫離，該湖通過石灰岩的裂縫與海洋相通，湖水微咸，分為兩層：上層富含氧氣，可供動物生存；15米以下的深度完全沒有氧氣，只有微生物。
水母湖里主要有兩種水母：金色水母（巴布亞硝水母Mastigias papua）和海月水母（Aurelia sp.）。在數千年的隔絕生活中，這些水母幾乎徹底失去了刺細胞，所以在這些水母中間游泳成了受遊客喜歡的娛樂活動。湖中的水母每天會沿固定的路線轉移，所以很容易觀察它們。
2018年12月15日, 02:42
據估計，湖中水母數量原有2000萬只，但厄爾尼諾現象期間急遽升溫的湖水使得生活在水母體內的共生藻大量死亡，這些共生藻是水母養分的重要來源，因而導致水母死亡。防曬霜里的化學物質污染湖水，也是水母死亡的原因之一。
現在，世界珊瑚礁普查基金會的生物學家沙龍·帕特里斯（Sharon Patris）稱，水母種群已部分恢復，數量現在達到500-800萬只。沙龍·帕特里斯還稱，並未證實防曬霜與水母數量減少之間有關係。不過保護湖水不受污染的措施將加強。遊客將只被允許使用特定的防曬霜，往身體上塗防曬霜的時間應不晚於下水前半小時。潛水前所有衣物應被仔細清洗，以便將外來物種帶入湖中。
埃爾馬爾克島和鄰近島嶼上還有幾十個有水母的咸水湖，但只有一個湖對潛水者開放。埃爾馬爾克島所屬的科羅爾州立法議會現在正在考慮將參觀水母湖的費用從100美元增加到150美元的提議。
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